税務調査の対応方法とは？税務調査の流れや期間までわかりやすく解説

税務署から税務調査の連絡が来ると、「何をどう対応するのか」「どれくらいの期間がかかるのか」「追徴課税が出るのではないか」と不安になる方は少なくありません。

税務調査は怖いというイメージを持つ方もいますが、一般的な税務調査の多くは、事前に顧問税理士宛に連絡があり、日程を調整したうえで行われます。その後、申告内容や帳簿、請求書、領収書などを確認し、必要に応じて質問を受ける流れです。

ただし、準備不足のまま対応すると、説明に時間がかかったり、誤解を招いたりすることがあります。事前に税務調査の流れや見られやすいポイントを知っておくことで、落ち着いて対応しやすくなります。

この記事では、税務調査の流れ、期間、注意したいポイント、税務調査の連絡が来たときの対応方法までわかりやすく解説します。

すでに税務調査の連絡が届いていて、早めに対応したいという方は、明治通り税理士法人までお気軽にご相談ください。まずは今の状況をお伺いし、これからの進め方を一緒に考えます。

税務調査とは？

税務調査は申告内容を確認する手続き

税務調査とは、申告内容が正しいかを確認するための手続きです。

売上が正しく計上されているか、経費として処理した支出に事業との関係があるか、消費税の処理に誤りがないかなどを確認されます。

調査の結果、申告内容に誤りがなければ、そのまま終了することもあります。一方で、売上漏れや経費の誤りなどが見つかった場合は、修正申告や追加納税が必要になることがあります。

多くは事前通知のある任意調査

税務調査には、大きく分けて任意調査と強制調査があります。通常の法人や個人事業主に行われる税務調査は、事前通知（事前の連絡）のある任意調査が中心です。

種類	主な内容	特徴
任意調査	通常の税務調査	事前通知があり、日程調整をして行われることが多い
強制調査	悪質な脱税が疑われる場合などの調査	令状にもとづき、捜索や差し押さえが行われることがある

任意調査では、調査官がいきなり資料を押収したり、強制的に捜索したりするわけではありません。日程を調整したうえで、帳簿や請求書、領収書、通帳などを確認し、必要に応じて質問を受ける流れになります。なお、現金商売など一部のケースでは、事前通知なしで調査が行われることもあります。

一方で、強制調査は悪質な脱税が疑われる場合などに行われる調査です。裁判所の令状にもとづき、資料の差し押さえや捜索が行われることがあります。一般的な税務調査とは性質が異なります。

ただし、任意調査であっても正当な理由なく無視したり、資料の提示を拒んだりすることはできません。連絡が来たら放置せず、落ち着いて対応しましょう。

税務調査は怖いものとは限らない

税務調査は、必ずしも不正を疑われて行われるものではありません。

売上が急に増えた場合、同業他社と比べて経費の割合が大きい場合、過去に調査が入っていない場合など、さまざまな理由で対象になることがあります。

大切なのは、調査官の質問に対して、帳簿や資料をもとに説明できる状態を整えておくことです。事前に流れを知り、必要な資料を準備しておけば、不安を減らして対応しやすくなります。

対象期間は3年分が目安になることが多い

税務調査では、過去3年分を確認されることが多いです。

ただし、申告漏れなどが見つかると5年分、仮装・隠蔽といった悪質な処理が疑われる場合は最長で7年分まで遡って調べられることがあります。また、事前通知では3年分と伝えられていても、調査の過程で遡る期間が延びることもあります。

法人の帳簿や請求書、領収書、契約書などは、原則として7年間の保存が法律で定められています。過去の資料が見つからないと説明が難しくなるため、保存期間を守って保管しておきましょう。

税務調査の流れ

税務調査は、税務署からの連絡を受けてすぐに当日を迎えるわけではありません。

税務署から事前通知が来る

税務調査は、税務署から電話や書面で連絡が来るところから始まることが多いです。

連絡時には、調査の対象となる税目、対象期間、調査予定日、調査場所などを伝えられます。顧問税理士がいる場合は、税理士に連絡が入るケースもあります。

税務署から電話が来たときは、慌ててその場ですべてを決める必要はありません。担当者の所属、氏名、連絡先、調査の概要を確認し、まずは税理士に相談しましょう。明治通り税理士法人では、税務署から連絡が来た段階でのご相談も承っており、確認すべき点や折り返しの進め方からお手伝いします。

日程を調整する

事前通知の後は、調査日を調整します。

税務調査は、会社や事業の状況、税理士の予定、資料準備に必要な時間をふまえて日程を決めます。どうしても都合が合わない場合は、別の日程を相談できることもあります。

ただし、正当な理由なく引き延ばしたり、連絡を無視したりするのは避けましょう。対応する姿勢を示しつつ、準備できる日程を調整しましょう。

必要な資料を準備する

調査当日までに、申告書や帳簿、請求書、領収書、通帳、契約書などを用意します。

法人であれば、総勘定元帳、決算書、申告書、請求書、領収書、契約書、給与台帳、議事録、在庫資料などを用意します。個人事業主の場合も、売上資料、経費資料、通帳、クレジットカード明細、帳簿などが必要になります。

資料が不足していると、調査官への説明に時間がかかります。税理士に立ち会いを依頼する場合は、事前に資料を共有し、確認すべき点をまとめておきましょう。

調査当日に質問や資料確認が行われる

調査当日は、調査官が会社や事務所、自宅などを訪問し、質問や資料確認を行います。

最初は、事業内容、取引の流れ、主な取引先、経理の方法など、会社や事業の概要について質問されることが多いです。その後、帳簿や請求書、領収書、通帳などを確認しながら、売上や経費の処理を見ていきます。

分からないことを聞かれた場合は、その場で無理に答える必要はありません。確認して後日回答する形にしたほうが、誤った説明を避けやすくなります。

調査結果の連絡を受ける

調査当日が終わった後、税務署内で内容が検討され、後日結果の連絡があります。

申告内容に問題がなければ、是認といって追加対応なしで終了することもあります。誤りがあると判断された場合は、修正申告や追加納税について説明を受けます。このとき、本来納めるべき税金に加えて、過少申告加算税や無申告加算税、延滞税がかかることがあります。仮装・隠蔽など悪質と判断された場合は、より重い重加算税の対象になることもあります。

指摘内容に納得できない場合は、資料をもとに説明したり、税理士を通じて税務署とやり取りしたりするとよいでしょう。

税務調査の期間はどれくらい？

税務調査の期間は、調査の内容や会社の規模、資料の準備状況によって変わります。

実地調査は1日から2日程度が多い

一般的な税務調査では、調査官が会社や事務所に来る実地調査は1日から2日程度で行われることが多いです。

小規模な会社や個人事業主であれば1日で終わることもあります。一方で、取引量が多い会社、複数店舗を運営している会社、資料確認に時間がかかる会社では、2日以上になることもあります。

結果が出るまで数週間から数か月かかることもある

実地調査が終わっても、その場ですべての結果が決まるとは限りません。

調査官が税務署に持ち帰って内容を確認したり、追加資料を依頼したりすることがあります。そのため、最終的な結果が出るまでに数週間から数か月かかることもあります。

追加資料の提出が遅れると、調査が長引きやすくなります。必要な資料は早めにそろえ、税理士と相談しながら対応しましょう。

税務調査での対応内容

税務調査では、調査官から質問を受けたり、帳簿や証憑類を確認されたりします。

「何をされるのか分からない」という不安があると、必要以上に怖く感じてしまうことがあります。実際に確認される内容を知っておけば、事前準備もしやすくなるでしょう。

事業内容や取引の流れを聞かれる

税務調査では、最初に事業内容や取引の流れを聞かれることが多いです。

どのような商品やサービスを扱っているか、主な取引先はどこか、売上はどのように発生するか、入金や支払いはどの口座で行っているかなどを確認されます。

たとえば、Web制作会社であれば、受注から納品、請求、入金までの流れを確認されることがあります。飲食店であれば、売上の集計方法や現金管理、レジデータの保存状況を聞かれることがあります。

この質問は雑談のように感じることもありますが、後で帳簿や資料を確認するための前提になります。事業の実態と帳簿の内容にずれがないかを確認するためです。

売上や入金を確認される

税務調査で特に見られやすいのが、売上や入金の処理です。

請求書、領収書控え、売上台帳、通帳、レジデータ、決済サービスの明細などをもとに、売上が漏れなく計上されているかを確認されます。

たとえば、通帳に入金があるのに売上として計上されていない場合は、内容を確認されることがあります。現金売上がある場合は、レジの記録や現金出納帳、日々の売上集計表などを見られることもあります。

クレジットカード決済、QRコード決済、ECサイト、予約サイトなどを使っている場合は、それぞれの管理画面や入金明細と帳簿の数字が合っているかも確認されやすいです。なお、2024年1月からは電子取引のデータを電子のまま保存しておく必要があり、メールやネット上でやり取りした請求書・領収書のデータが残っているかを確認されることもあります。

売上は税額に大きく影響するため、特に丁寧に見られる項目です。

経費や領収書を確認される

経費については、事業に関係する支出かどうかを確認されます。

接待交際費、外注費、旅費交通費、広告宣伝費、消耗品費、車両費などは、領収書や請求書、契約内容と照らし合わせて確認されることがあります。

たとえば、飲食代であれば誰と何の目的で使ったのか、出張費であれば出張先や目的が分かるか、車両費であれば事業利用と私用の区分ができているかを聞かれることがあります。

個人的な支出が会社や事業の経費に入っていないか、支払先や内容が不自然でないかも見られます。領収書には、誰と、何のために使った費用かをメモしておくと説明しやすくなります。

人件費や外注費を確認される

給与や外注費も、税務調査で確認されやすい項目です。

従業員への給与であれば、給与台帳、源泉徴収、社会保険、勤怠記録などを確認されることがあります。外注費であれば、契約書、請求書、業務内容、支払い実績などを見られることがあります。

たとえば、外注費として処理しているものの、実際には勤務時間や働き方が従業員に近い場合は、詳しく確認されることがあります。家族や親族へ給与や外注費を支払っている場合も、実際に業務を行っているか、金額が妥当かを説明できる資料が必要です。

外注先とのメール、納品物、作業報告書、契約書などが残っていると、業務の実態を説明しやすくなります。

通帳・現金・在庫を確認されることがある

税務調査では、通帳や現金、在庫を確認されることもあります。

通帳は、売上入金や経費支払いの確認に使われます。事業用口座だけでなく、個人口座に事業の入金が混ざっている場合は、その内容を確認されることがあります。

現金商売の場合は、現金出納帳やレジの記録、実際の現金残高を確認されることがあります。帳簿上の現金残高と実際の現金が大きくずれていると、追加で質問を受けることがあります。

在庫がある会社では、棚卸表や仕入れ資料、販売記録などを確認されることがあります。帳簿上の在庫と実際の在庫に差がある場合は、廃棄、紛失、売上計上漏れなどの可能性を確認されることがあります。

税務調査でやってはいけない対応

税務調査では、対応の仕方によって調査が長引いたり、誤解を招いたりすることがあります。

税務署からの連絡を無視する

税務署からの連絡を無視するのは避けましょう。

連絡を放置すると、税務署からの印象が悪くなるだけでなく、調査の日程調整や資料準備が進みにくくなります。電話に出られなかった場合でも、折り返しの連絡を入れましょう。

仕事が忙しい、資料がそろっていない、何を聞かれるか不安といった理由があっても、無視してよいわけではありません。都合が悪い場合は、日程調整ができるか相談しましょう。

分からないことをその場で答える

調査官から質問されたときに、分からないことを推測で答えるのは避けましょう。

記憶が曖昧なまま答えると、後で資料と説明が合わなくなることがあります。たとえば、数年前の取引内容、現金の入出金、外注先とのやり取りなどは、その場ですぐに思い出せないこともあります。

調査官に確認された内容について分からない場合は、「確認して後日回答します」と伝えて問題ありません。無理に答えるよりも、帳簿や請求書、通帳、メールなどを確認したうえで回答するほうが誤解を防ぎやすくなります。

また、質問の意味が分からない場合は、内容を確認してから答えましょう。曖昧なまま返答すると、意図しない説明として受け取られることがあります。

資料を隠したり作り替えたりする

税務調査の連絡が来てから、資料を隠したり作り替えたりすることは絶対に避けましょう。

事実と異なる資料を作成すると、税務上の問題が大きくなる可能性があります。売上や経費に誤りがある場合でも、まずは事実を確かめることが先決です。

たとえば、領収書がない支出について後から別の領収書を用意する、売上資料の一部を出さない、通帳の入金内容を説明せず隠そうとする、といった対応は避けるべきです。

資料が不足している場合や、処理に誤りがある可能性がある場合は、税理士に相談しながら対応方針を決めましょう。誠実に対応することが、調査を早く終えることにもつながります。

感情的に反論する

税務調査では、指摘内容に納得できない場面が出ることもあります。

ただし、その場で感情的に反論したり、強い言い方で否定したりすると、やり取りがこじれることがあります。調査官の質問に対しては、まず何を確認されているのかを確かめましょう。

納得できない指摘があった場合は、根拠となる資料を確認したうえで説明しましょう。その場で結論を出さず、税理士と相談してから回答することもできます。

冷静に対応することで、必要な主張もしやすくなります。

税理士に税務調査対応を依頼するメリット

税務調査は、自分だけで対応することもできます。

ただし、税務上の判断や調査官とのやり取りに不安がある場合は、税理士に依頼することで負担を減らしやすくなります。

事前準備を進めやすい

税務調査では、事前の備えが重要です。

税理士に依頼すれば、申告書や帳簿、請求書、領収書、契約書などを確認し、調査で見られやすいポイントを事前に把握できます。資料がそろっているかだけでなく、帳簿の数字と通帳や請求書の内容が合っているかも確かめられます。

たとえば、売上漏れがないか、経費の根拠が残っているか、外注費や人件費の資料がそろっているかを事前に確認できます。交際費や旅費交通費、車両費など、事業との関係を説明する必要がある支出についても、どの資料を用意すればよいか見当をつけられます。

また、過去の申告内容に不安がある場合も、調査前に確認しておくことで対応の進め方を考えやすくなります。備えができていれば、当日の説明もしやすくなり、不要な誤解を避けられます。

当日の立ち会いを依頼できる

税理士には、税務調査当日の立ち会いを依頼できます。

調査官から質問を受けたときに、税理士が税務上の論点を確かめながら対応できます。納税者だけでは判断しにくい質問についても、税理士が間に入ることで落ち着いて対応しやすくなります。

ただし、事業内容や取引の実態については、経営者や本人が説明する必要があります。税理士に任せきりにするのではなく、事前に一緒に流れを確認しておくと安心です。

指摘内容への対応を相談できる

税務調査で指摘を受けた場合も、税理士に相談できます。

税務署の指摘が妥当かどうか、追加資料で説明できるか、修正申告が必要かなどを確認しながら対応できます。指摘内容をそのまま受け入れる前に、事実関係や資料を見直しておきましょう。

たとえば、売上漏れを指摘された場合でも、入金の内容が借入金や立替金である可能性があります。経費を否認されそうな場合も、契約書やメール、業務内容の記録などで事業との関係を説明できることがあります。

指摘内容をそのまま受け入れるべきか判断に迷う場合は、資料をもとに税理士と一緒に内容を確かめましょう。税務署とのやり取りを含め、当日の立ち会いから調査後の対応まで、明治通り税理士法人にまとめてご相談いただけます。

明治通り税理士法人がサポートできること

税務調査は、何をされるのか分からない状態だと不安が大きくなりやすいものです。まずは状況を確かめ、必要な資料や確認すべき点を一緒に洗い出すところから始めましょう。

税務署から連絡が来た後の初動対応

税務署から連絡が来た場合は、最初の対応が大切です。

明治通り税理士法人では、税務署から聞き取った内容をもとに、調査対象や日程、必要資料を確認します。必要に応じて、税務署との日程調整や事前確認もサポートいたします。

慌ててその場で判断するのではなく、準備できる状態を整えてから対応できるように進めます。

税務調査の立会料は、月額顧問料とは別料金になります。

事前資料の確認と準備

税務調査では、申告書、帳簿、請求書、領収書、通帳、契約書などの資料確認が必要になります。

明治通り税理士法人では、調査前に資料の状況を確認し、見られやすいポイントを一緒に押さえます。売上、経費、外注費、人件費、消費税など、確認が必要な項目を事前に把握しておくことで、当日の対応もしやすくなります。

明治通り税理士法人は、これまで多くの企業の経理体制づくりや帳簿・証憑の管理、月次決算の体制づくりを支援してきました。日頃から書類がそろい、数字の根拠を説明できる状態にしておくことは、税務調査の場面で落ち着いて対応するうえでも役立ちます。資料が不足している場合や、説明が必要な処理がある場合も、事実関係を確かめながら対応方法を検討します。

当日の立ち会いと調査後の対応

税務調査当日は、調査官からの質問や資料確認に落ち着いて対応しましょう。

明治通り税理士法人では、当日の立ち会いにも対応しています。調査官からの質問の意図を踏まえ、税務上の論点を確かめながら進めます。

調査後に指摘事項が出た場合も、内容を確認し、追加資料で説明できるか、修正申告が必要かを一緒に検討します。

税務調査対応でお悩みの方はご相談ください

税務調査は、どんな会社でも行われる可能性があります。

税務署から連絡が来た場合は、その場で慌てて判断せず、担当者の情報や調査の概要を確認したうえで、早めに税理士へ相談しましょう。

明治通り税理士法人では、税務調査対応についてのお悩みを承っています。現在の申告内容や資料の状況をお伺いしたうえで、必要な準備や対応の流れをわかりやすくお伝えします。顧問税理士がいない場合のご相談も承っています。

税務調査の連絡が来て不安な方や、個人事業主として税務調査にどう対応すればよいか分からない方は、まずはお気軽にお問い合わせください。