持ち分会社とは？株式会社との違い・種類・設立方法まで徹底解説
会社を設立しようと考えたとき、多くの方が株式会社や合同会社の違いに注目します。
しかし、日本の会社法では、それ以外にも「持ち分会社」と呼ばれる会社形態が存在しています。この持ち分会社には、合名会社・合資会社・合同会社の3種類が含まれます。
持ち分会社は、出資者が経営にも関与するという特徴があり、少人数での起業や柔軟な経営を求める場面に適しています。一方で、責任の範囲や手続きの自由度が高い反面、トラブルには注意が必要です。
この記事では、持ち分会社の概要や株式会社との違い、3種類の持ち分会社の特徴、設立手続きや実務上のポイントまでをわかりやすく解説します。
目次
持ち分会社とは？
会社設立を検討する際、多くの人が「株式会社」や「合同会社」という言葉を思い浮かべますが、実はそれらは日本の会社法で定められたいくつかの会社形態の一部に過ぎません。株式会社以外の形態を総称して「持ち分会社」と呼び、これは合名会社・合資会社・合同会社の3種類に分類されます。
まずは持ち分会社の概要や特徴について解説します。
法人格を持つ組織形態
持ち分会社は、株式会社と同様に法人格を持つ組織形態です。つまり、法的には個人とは独立した「会社そのものが契約や資産の所有、納税などを行う主体」となります。
会社として登記を行うことで法人格が与えられ、第三者と契約を結んだり、財産を所有したりすることが可能になります。この点において、持ち分会社は株式会社と同じく、法的な信頼性を備えた存在です。
出資と経営が一体であるという特徴
持ち分会社の大きな特徴は、出資者自身が経営者として業務を執行する点にあります。株式会社では、出資者（株主）と経営者（取締役など）が明確に分かれていますが、持ち分会社ではこの両者が一致しているのが基本です。
これにより、出資者が直接会社の意思決定に関与でき、スピーディーかつ柔軟な経営判断が可能になります。ただし、反面として出資者全員の合意が必要な場面が多く、意思決定に時間がかかる場合や、意見の対立による運営上の停滞が生じるリスクもあります。
持ち分会社の種類とその違い
持ち分会社は、日本の会社法における株式会社以外の会社形態であり、以下の3種類に分類されます。
| 種類 | 社員の責任 | 業務執行権 | 社会的認知度 | 活用されるケース |
| 合名会社 | 全員が無限責任 | 全社員 | 低い | 親族・信頼関係での小規模事業 |
| 合資会社 | 無限＋有限責任の混在 | 無限責任社員 | 低い | 投資家と経営者の役割を分けたい事業 |
| 合同会社（LLC） | 全員が有限責任 | 定款で自由に設計 | 中程度 | スタートアップ、法人化、共同経営など |
それぞれの会社形態には異なる特徴があり、社員の責任の範囲や業務執行のルール、設立しやすさ、実務上の使われ方などに違いがあります。
ここでは、それぞれの定義と特徴を解説したうえで、選択の判断材料となるような比較情報を整理します。
合名会社とは？
合名会社は、社員全員が無限責任を負う会社形態です。無限責任とは、会社が負った債務に対して、社員個人が出資額にとどまらず、私財をもって弁済責任を負うことを意味します。
合名会社は、強い信頼関係のある親族や知人同士による小規模事業に用いられることが多いです。設立手続きは比較的簡易で、維持コストも低いというメリットがありますが、社員の責任が重いため、現代においては選択されることが少ない形態です。
合資会社とは？
合資会社は、無限責任社員と有限責任社員が混在する会社形態です。一般的には、無限責任社員が実際の業務を執行し、有限責任社員は資金提供の役割を担います。
経営と出資の役割を分離することができ、責任と利益の分担が可能です。しかし、無限責任を負う社員が必要であることや、制度がやや複雑であることから、実務上はあまり利用されていません。
合同会社とは？
合同会社（LLC：Limited Liability Company）は、社員全員が有限責任である会社形態です。これは、社員が会社の債務に対して、出資額以上の責任を負わないことを意味します。
合同会社は、2006年の会社法改正により新たに導入された制度であり、設立費用が安く、内部ルールの設計が柔軟であることから、現在では持ち分会社の中で最も広く利用されている形態です。
具体的には以下のような特徴があります。
- 出資比率と利益配分比率を一致させなくてもよい
- 業務執行権限や決算方法などを定款で自由に決められる
- 取締役や株主総会といった形式的な機関設置が不要
この柔軟性により、スタートアップや共同経営、個人事業主の法人成りなどで多く採用されています。
持ち分会社と株式会社の違い
株式会社と持ち分会社は、どちらも法人格を持つ会社形態ですが、設立の仕組みや経営体制、責任の範囲などに大きな違いがあります。それぞれの特性を理解しておくことで、自社に合った形態を選ぶ手助けになります。
ここでは、持ち分会社と株式会社の違いについて、法的な責任、設立費用、意思決定の仕組みなど、主要なポイントを比較しながら詳しく解説します。
| 比較項目 | 持ち分会社 | 株式会社 |
| 社員の責任範囲 | 合名・合資は無限責任あり、合同は有限責任 | 有限責任 |
| 設立費用 | 約6万〜10万円 | 約25万〜30万円 |
| 意思決定の柔軟性 | 柔軟（定款で自由に決定可能） | 形式的（取締役会・株主総会） |
| 社会的信用 | やや低め（知名度や実績で差が出る場合あり） | 高い（大企業に多く採用されている） |
| 配当・出資回収の自由度 | 比較的自由（定款設計により柔軟に対応） | 制約あり |
社員の責任範囲
株式会社は、株主が出資額の範囲でのみ責任を負う「有限責任」の構造をとっています。これにより、会社が倒産したとしても、株主が個人の財産で借金を返済する必要はありません。
一方、持ち分会社では形態によって社員の責任が異なります。
- 合名会社：全社員が無限責任を負います。
- 合資会社：無限責任社員と有限責任社員が混在します。
- 合同会社：全社員が有限責任です。
この違いにより、特に合名会社や合資会社では、会社が債務超過に陥った場合に個人の財産から債務を負担しなければならないリスクが発生する可能性があります。
設立の手続きと費用
株式会社の設立には、以下のような手続きが必要です。
- 公証人による定款認証
- 登録免許税の納付
- その他設立費用
このような要件があるため、初期費用は一般的に25万〜30万円程度かかります。
一方で、持ち分会社、特に合同会社は次のような点で手続きが簡略化されています。
- 定款の公証人認証が不要
- 登録免許税が最低6万円〜と安価
これにより、個人事業主やスモールビジネスを始めたい方にとっては、コストを抑えて法人化できる大きなメリットがあります。
意思決定の柔軟性
株式会社では、株主総会や取締役会といった形式的な手続きを経て意思決定がなされます。これはガバナンス上のメリットもありますが、意思決定のスピードに制約が生じることがあります。
それに対して、持ち分会社では出資者（社員）がそのまま経営者であるため、定款で自由に運営ルールを定めることができます。特に合同会社は以下のような柔軟性を持っています。
- 社員全員の同意があれば即時に意思決定が可能
- 出資比率に関係なく、利益配分を自由に設計できる
- 経営権と出資割合を分離した運営も可能
このような特徴は、スピードと柔軟性が求められるスタートアップやフリーランス法人に適しています。
社会的信用
株式会社は、古くからの企業形態であり、多くの大企業に採用されていることから、社会的信用が高いとされています。特に、取引先や金融機関などからの評価においては、株式会社という形態が一定の安心材料となる場合もあります。
一方、合同会社をはじめとする持ち分会社は、比較的新しい形態やマイナーな存在と見られることが多く、一部では「信用力に不安があるのでは」と判断されることもあります。ただし、これは徐々に改善されつつあり、実績を積むことで信頼を得ることは十分可能です。
配当・出資回収の自由度
株式会社では、利益配当は出資比率（持株比率）に応じて行う必要があり、柔軟な配当設計が難しいという側面があります。さらに、出資金の回収（資本金の払戻し）も厳しく制限されています。
一方、持ち分会社、特に合同会社では、定款の定めにより出資比率と異なる割合で利益を配分することが可能です。たとえば、出資は5：5でも、配当は7：3といった設定が認められます。また、業務貢献度や役割に応じた分配設計ができる点も大きなメリットです。
ただし、出資の払戻しには会社の財政状況や税務上の注意が必要なため、専門家の助言を受けながら制度設計することが推奨されます。
持ち分会社の設立方法と流れ
持ち分会社（合同会社・合名会社・合資会社）を設立するには、会社法に基づいた複数の手続きを段階的に行う必要があります。ここでは、設立までの全体の流れと各ステップの注意点について詳しく解説します。
①定款の作成と公証不要の手続き
持ち分会社の設立において最初に行うべきことは、定款の作成です。定款とは、その会社の憲法ともいえる基本ルールの集まりであり、法人運営の土台になります。
株式会社と異なり、持ち分会社（特に合同会社）では、定款を公証人に認証してもらう必要がありません。そのため、作成から登記までの流れを比較的スムーズに進めることができます。
定款に記載すべき主な事項
- 商号（会社名）
- 事業目的（どのような事業を行うか）
- 本店所在地
- 出資者の氏名・出資額
- 業務執行権限・利益配分のルール
定款は一度定めると、後からの変更には社員全員の同意や登記変更が必要になります。特に、利益配分や退社時の取扱い、社員の加入・脱退ルールなどは曖昧な記載がトラブルの原因になることがあるため、専門家のサポートを受けながら慎重に作成することが大切です。
②出資の履行
定款を作成したら、次は出資者が会社に対して約束した資金や資産を実際に提供する「出資の履行」の段階に進みます。
出資の方法は主に以下の2つです。
- 金銭出資：最も一般的。現金を会社口座に入金して証明します。
- 現物出資：機械設備、車両、不動産、知的財産などを出資する方法。
現物出資を行う場合には、その価値の評価の妥当性や、後日のトラブル防止のための証拠資料（評価書や譲渡契約書など）の整備が求められます。場合によっては課税関係も発生するため、税理士や弁護士に事前相談することが推奨されます。
③必要書類の準備と登記申請
出資の履行が完了したら、会社としての法人格を得るために、法務局へ設立登記の申請を行います。登記を完了することで、会社が正式に法的存在として認められます。
登記に必要な主な書類
- 登記申請書
- 定款（原本またはコピー）
- 出資金の払込証明書（通帳コピーなど）
- 印鑑届出書（会社実印の届出）
- 収入印紙（登録免許税：最低6万円〜）
登記は提出先となる法務局によって、細かな書式や補足資料が異なることもあるため、事前に確認しておくことが大切です。
④不安な場合は専門家に相談する
設立手続きは一見シンプルに見えても、定款の文言の不備、印鑑の届出漏れ、現物出資の評価ミスなど、細かな部分でトラブルが生じやすいのが実情です。
とくに、次のようなケースでは専門家のサポートが必要になります。
- 社員が複数人いる
- 出資割合と利益配分を変えたい
- 将来的な社員の加入や退社を見越している
- 節税や資本政策を意識した設計をしたい
持分の譲渡と出資の扱い
持ち分会社では、出資者が経営にも深く関与しているという構造上、「出資者が交代する」ことは経営体制そのものに大きな影響を与える重要な問題となります。
ここでは、出資者の変更に関わる実務としての「持分の譲渡」や「出資の払戻し」について、ルール・手続き・注意点を詳しく解説します。
譲渡制限と社員全員の同意
持分（出資の割合）は単なる経済的権利ではなく、会社経営への参加権・意思決定権を伴うものとして扱われます。したがって、持分を譲渡する場合には、「原則として社員全員の同意が必要」という株式会社とは異なる厳格なルールが適用されます。
たとえば、ある社員が第三者に自分の持分を譲りたい場合、他の社員全員の同意がなければ譲渡することができません。これは、不本意な人物が経営に加わることを防ぐための重要なルールです。
一方で、自由に売買できないという制約があるため、投資家の参入や資本調達の面では株式会社と比べて柔軟性に欠けることがあります。そのため、最初の定款作成段階で、譲渡についてのルールや例外を明文化しておくことが重要です。
譲渡契約書の要否と注意点
持分の譲渡を実施する際には、必ず書面で契約書を取り交わすことが推奨されます。口頭でのやり取りや曖昧な合意は、後に税務調査や法的トラブルを招くリスクがあります。
譲渡契約書に記載すべき主な事項
- 譲渡人と譲受人の氏名・住所
- 譲渡対象となる持分の割合や内容
- 譲渡金額と支払い方法
- 譲渡の効力発生日（契約成立日）
- 社員全員の同意取得に関する記述
また、譲渡によって譲受人が社員として新たに加わる場合には、登記や定款の変更も必要になる可能性があるため、司法書士・税理士・弁護士などの専門家の確認を受けながら進めることが安全です。
払戻しとの違い
「持分の譲渡」と混同されやすいのが、出資の払戻しです。両者は似ているようで性質も手続きもまったく異なります。
| 比較項目 | 持分の譲渡 | 出資の払戻し |
| 意味 | 第三者に持分（出資権）を譲る | 会社が出資者に資金を返還する |
| 会社の関与 | 原則なし（譲渡人と譲受人の契約） | 会社の財産を動かすため、会社が直接関与 |
| 必要な同意 | 社員全員の同意が必要 | 原則として会社の清算・定款に基づく |
| 税務・会計処理 | 譲渡所得として課税の可能性 | 減資や財務評価などが必要 |
出資の払戻しを通常の営業中に実施する場合、資本金の減少や債権者保護手続きが求められることもあるため、会社の財政状況や登記上の処理にも注意が必要です。
利益配当と出資の払戻し
持ち分会社を運営するうえで、「お金の分配」は最もトラブルが起きやすいテーマの一つです。出資比率と異なる利益配分の可否や、出資金を返す際の法的・税務的な対応など、事前に理解しておかないと後々のリスクにつながります。
ここでは、利益配当と出資の払戻しについて、制度上の特徴や注意点を詳しく解説します。
利益分配の取り決めと比率
株式会社では、原則として株主（出資者）に対して出資比率に応じた配当を行う必要があります。これに対し、持ち分会社では、出資比率に縛られない配当ルールを定款で自由に設定することが可能です。
とくに合同会社では、次のような柔軟な利益配分が認められています。
- 出資比率が5:5でも、配当比率を7:3に設定する
- 初年度は配当を行わず、翌年以降に利益が出た段階で分配する
- 業務への貢献度を基準に、毎年配当比率を見直す
この柔軟性により、パートナーシップ型の共同経営（貢献度に応じた分配）、フリーランス同士の連携法人（出資と労働量のバランスが異なる）、家族間法人（名義上の出資割合と実務を区別）といった場面で非常に有効です。
ただし、曖昧な取り決めや口頭合意のまま運営を行うと、配当をめぐるトラブルが起こりやすくなります。そのため、配当ルールは必ず以下のいずれかの方法で明文化しておくことが必須です。
- 定款に明記する
- 社員間の覚書や契約書を別途作成する
また、定期的に配当ルールを見直す場合には、その都度、社内合意を得て記録に残すことが重要です。
出資の返還タイミングと税務リスク
出資の払戻しとは、社員が出資した資本金の一部または全部を会社が返還する行為を指します。原則として、出資の払戻しは以下のようなタイミングで発生します。
- 社員の退社時（定款にその旨が記載されている場合）
- 会社と社員の合意に基づく一部払戻し
- 出資比率の調整（一部社員が出資を引き下げる）
しかし、この行為には財務的・税務的なリスクが伴います。
出資払戻しの主な注意点
- 資本金の減少により、会社の信用や資金調達力が低下する可能性がある
→ 特に金融機関からの融資を検討している場合には慎重な判断が必要です。 - 払戻しが利益分配とみなされると、贈与税・所得税の課税対象となる
→ 出資の返還ではなく、実質的に“利益配分”と見なされるケースもあり得ます。 - 出資者（社員）個人に確定申告の義務が生じる場合がある
→ 譲渡益や雑所得として扱われる可能性があります。
また、払戻しは会社の財産を直接動かす行為であるため、会社の帳簿処理や資本金の減額登記など、会計・法務の手続きも必要になります。
社員の加入・退社とその手続き
持ち分会社では、社員（出資者）が会社経営の中核を担っているため、新たな社員の加入や既存社員の退社は、会社の運営や出資構成に直接影響を及ぼします。そのため、これらの手続きには法的・実務的な注意が必要です。
ここでは、「加入」と「退社」に分けて、手順と注意点を具体的に解説します。
新しい社員の加入手続き
持ち分会社において新しい社員が加入する際は、出資者構成と経営権に変化が生じるため、原則として既存社員全員の同意が必要です。これは、経営への信頼性や意思決定体制を守るためのルールといえます。
- 社員間での協議と同意取得
加入にあたっては、すでに在籍している社員全員が新しい社員の参加に同意する必要があります。 - 出資条件や業務執行権限の確認・明文化
出資額や業務執行権の有無、利益分配の割合などを明確にします。必要に応じて定款の変更を行います。 - 出資の履行
新たな社員は、決められた方法（現金出資や現物出資）で出資を行います。 - 登記手続き（必要に応じて）
合同会社などでは、業務執行社員の変更や出資者の追加があった場合、登記が必要です。
特に、新たに加わる社員が業務執行社員（経営権を持つ）となる場合は、他社員との信頼関係や業務能力のバランスも重要になります。慎重な人選と明確なルール設計が求められます。
社員の退社と出資返還の手続き
社員が退社する場合は、持ち分の精算（出資の払戻し）を含めた実務処理が必要となります。退社の原因に応じて、手続きも異なります。
| 類型 | 内容 |
| 任意退社 | 本人の意思で会社から退くケース。社員全員の同意を必要とする場合もあり。 |
| 法定退社 | 死亡・破産・成年後見開始など、法令により自動的に退社するケース。 |
| 合意による退社 | 社員全員の合意に基づいて円満に退社するケース。 |
退社時に必要な出資精算のポイント
退社にともなって発生する「持分の払戻し」は、以下のような点に注意が必要です。
- 現物返還は原則不可：出資物は現金化し、相当額で返還されるのが一般的です。
- 会社の財務状況が影響する：赤字や資金不足がある場合、返還が困難になることもあります。
- 税務リスクがある：返還額や方法によっては、贈与税や譲渡所得税の対象となる可能性があります。
退社時の混乱を防ぐためには、あらかじめ以下を整備しておくことが重要です。
- 定款で退社時の精算方法を明記する
- 社員間契約書（パートナーシップ契約）で手続きを補完する
専門家のサポートが必要になる場面
社員の加入・退社は、経営上の意思決定・登記・税務・契約設計が複雑に絡む場面です。以下のようなケースでは、税理士・司法書士・弁護士などの専門家に事前相談するのがおすすめです。
- 複数人での共同出資・共同経営を行っている
- 出資比率と配当比率が一致していない
- 相続や事業承継にともなう退社が発生する
- 出資の払戻しが贈与・譲渡と疑われる恐れがある
よくある質問
持分会社とは何ですか？
持分会社とは、株式会社以外の会社形態である合名会社・合資会社・合同会社の総称です。出資者が経営に深く関与し、内部ルールを自由に定めやすいのが特徴です。
合同会社と持分会社の違いは？
合同会社は「持分会社の一種」です。持分会社の中で最も設立数が多く、全社員が有限責任を負う形態です。他の持分会社（合名・合資）は無限責任社員を含みます。
持分会社と子会社の違いは？
「持分会社」は会社法上の会社形態のことを指し、「子会社」は企業グループ内での支配関係を表す用語です。つまり、合同会社などの持分会社が“子会社”になることもあるため、両者は比較対象ではなく概念が異なります。
持分会社を辞めるとはどういうことですか？
「持分会社を辞める」とは、社員としての地位を退社することを指します。任意退社・死亡・破産などの理由によって発生し、退社時には出資金の精算（払戻し）が必要となります。手続きや税務面の整理が必要になるため、事前に社内ルールを明確化しておくことが重要です。
明治通り税理士法人のサポート
持ち分会社の設立から日々の運営まで、安心の一貫サポート
明治通り税理士法人では、合同会社・合資会社・合名会社といった「持ち分会社」の設立から、日々の会計・税務運営までをワンストップでサポートしています。
はじめて法人を立ち上げる方や、個人事業から法人化を検討している方に対しては、会社形態の選び方や定款の作成方法、利益配分の設計、社員間契約書の整備など、将来のトラブルを防ぐために欠かせない準備を丁寧に支援します。
さらに、freeeやマネーフォワードといったクラウド会計ソフトの導入・設定も円滑に行い、経理・税務の効率化や自動化を実現。リアルタイムで経営数値を把握できる環境を整えることで、経営判断のスピードと精度を高めます。
単なる会計処理の代行にとどまらず、経営の立ち上げから成長のフェーズまで、安心して伴走できる「パートナー」として寄り添うことをお約束します。
フリーランスや副業法人にも対応。経営の自由度を活かした設計が可能
少人数でスピーディーに動きたい事業や、フリーランスの法人化、副業での会社設立などにも、持ち分会社は相性が良い形態です。
明治通り税理士法人では、こうしたニーズに応じた柔軟なサポートが可能です。たとえば、貢献度に応じて利益配分を変えたい、出資と経営のバランスを自由に設計したいといったケースにも、制度を活かした設計をご提案します。
設立だけで終わらず、法人化したあとの「日々の経営」までしっかり支援し、事業の成長と安定を一緒に目指します。
まとめ
持ち分会社は、株式会社とは異なる柔軟な経営スタイルや設立のしやすさを持つ会社形態であり、合同会社をはじめとして近年注目を集めています。特に小規模事業者やスタートアップにとっては、コスト面や意思決定のスピードなど、多くのメリットがあります。
一方で、社員の責任範囲や出資の譲渡、退社時の手続きなど、適切な理解と準備がなければトラブルにつながる可能性もあります。だからこそ、設立前の段階で制度の特徴を正しく把握し、自社に最適な形態を選ぶことが重要です。
明治通り税理士法人では、会社設立や定款設計、税務面でのアドバイスまで、持ち分会社に関するあらゆるご相談を承っています。専門家と一緒に、安心してスタートを切るための第一歩を踏み出してみてはいかがでしょうか。